Reeds in 620 werd gewag gemaakt van een nederzetting aan een kreek in het zeegat Wielingen, waar de bewoners leefden van de visvangst.
Walcheren dat toen nog Walacria heette was verbonden met Vlaanderen maar in de dertiende eeuw werd de Wielingen door stormvloeden verbonden met de Honte of zoals het tegenwoordig heet, de Westerschelde. Er was een ouder dorp dat Oud-Vlissingen (!) heette en dat ging later samen met Nieuw-Vlissingen toen de toegang naar de Oosterschelde verzandde en de scheepvaart voortaan over de Westerschelde moest varen om open zee te bereiken. Graaf Floris de Vijfde van Holland kocht in 1294 het groeiende Vlissingen. In 1315 kreeg Vlissingen stadsrechten. Zeeland, dat eeuwenlang een twistappel was geweest tussen de graven van Vlaanderen en die van Holland bleef na de zeeslag in 1304 bij Zierikzee, waar de Vlaamse vloot verslagen werd, bij Holland.
Vlissingen werd een bloeiende havenstad en onder graaf Willem de Derde werden verscheidene havens gegraven. De welvaart van Vlissingen was onder andere te danken aan de haringvisserij en de kaapvaart, ook de handel met Engeland en andere landen droeg daaraan bij. Er werden schepen gebouwd en rond 1500 verscheen een heuse stadsmuur die nodig was om de plaats te verdedigen tegen nabijgelegen steden.
De Tachtigjarige Oorlog en de Reformatie zorgden voor moeilijke tijden en op 6 april 1572 koos Vlissingen, in navolging van Den Briel, voor de Prins van Oranje.
Ook in de Gouden Eeuw bloeide Vlissingen. De handel met Engeland floreerde maar in 1651 was er een ernstige tegenslag. Het Engelse protectionisme van Cromwell gaf de handel en industrie van de Nederlanden een gevoelige tik. Verscheidene oorlogen waren het gevolg.
Michiel de Ruyter, geboren in Vlissingen, wist tijdens de 2e Nederlands-Engelse Oorlog (1665-1667) de rivier de Medway op te varen en de Engelse vloot te verslaan bij Chatham. Het Engelse vlaggenschip “Royal Charles’ werd veroverd en in triomf meegevoerd naar Nederland.

De Prince Royal wordt in triomf meegevoerd naar de rede van Vlisingen

Tijdens de Franse overheersing werd Vlissingen, een voor die tijd grote stad met 8000 inwoners en veel cultuur, onderuitgehaald. Visserij, handel en industrie werden onmogelijk gemaakt. De haven werd overgenomen en de Fransen vestigden er een vloot en een garnizoen. Dit alles om de Engelsen te verslaan. Deze vielen Vlissingen aan in 1809 en dat ontaardde in een ramp voor de stad, grote gebouwen werden gebombardeerd en in brand gestoken door de Engelse vloot en onder andere het mooie stadhuis werd met de grond gelijkgemaakt.

Het inwonertal daalde tot vierduizend, de oorlogsdreiging, de bezetting en het dure wonen zorgden ervoor dat veel mensen de stad de rug toekeerden en pas weer terugkeerden tot na de Franse tijd toen de Nederlandse vloot die nu de havens bezette, voor banen zorgde.

Het kanaal door Walcheren werd gegraven en deze onderneming zorgde ook voor veel werkgelegenheid, evenals de scheepswerf ‘De Schelde’ die in 1875 opgericht werd en de Marinewerf verving. Rond die tijd kwamen veel Arnemuidse vissers naar Vlissingen, noodgedwongen omdat de Arne afgesloten werd en ze uit moesten wijken om hun beroep verder uit te kunnen blijven voeren. De Arnemuidse vloot vaart nog steeds uit van Vlissingen. De Marinewerf te Vlissingen, rond 1850